El crimen fue ejecutado por integrantes del extinto Bloque Central Bolívar de las Autodefensas Campesinas de Colombia (AUC), por las continuas denuncias que realizaba en contra de la extracción ilegal de minerales.
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Este hombre, como presunto jefe financiero de los hermanos Castaño Gil y de las extintas Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá (UCCU), habría pagado la nómina y facilitado armas, recursos y otros elementos a paramilitares que ejecutaron homicidios calificados como crímenes de lesa humanidad entre 1996 y 1998.
La Fiscalía ha logrado tres condenas por el crimen de Hugo Hernán Perafán Gómez. Las dos anteriores fueron contra los sicarios, identificados como Daniel Enrique de los Reyes Fuentes y Edithson Huertas Ríos. Estos dos hombres y el hoy sentenciado figuran en los registros oficiales como desmovilizados de los grupos paramilitares de los Llanos Orientales.